Во время фашистской оккупации в 1942 году румынские оккупационные власти позволили открыть один из храмов монастыря , а в 1944 году обитель возродилась полностью. Поскольку главный собор монастыря был разрушен, основной церковью монастыря стал храм Живоносного Источника, при своем возрождении освященный во имя Успения Божией Матери.
С 1946 года здесь устраивается летняя резиденция патриархов Московских и всея Руси, в связи с чем монастырь стали называть Патриаршим. Только это и спасло обитель от повторного закрытия в 1961 году, в разгар новых гонений на Церковь в СССР.
На территории Патриаршей резиденции в 1951 году была построена архиерейская гостиница.
С 1960 года в монастыре подвизался преподобный Кукша Одесский, жили на покое митрополит Иоанн (Кухтин), архиепископ Онисифор (Пономарёв). С 1961 года в монастыре размещена Одесская духовная семинария. В семинарии есть храм в честь святого апостола Андрея Первозванного — небесного покровителя семинарии.
В 1965 году в монастырь была перенесена резиденция правящего архиерея Одесской епархии, который является её священноархимандритом — настоятелем монастыря.
В 1967 году в покоях летней резиденции Патриарха Московского и всея Руси была устроена небольшая крестовая церковь, священная в честь преподобных Сергия и Никона, игуменов Радонежских, всея Руси чудотворцев.
В 1988 году, в год 1000-летия Крещения Руси, над Никольской церковью был сооружён купол и колокольня.
С 1946 года здесь устраивается летняя резиденция патриархов Московских и всея Руси, в связи с чем монастырь стали называть Патриаршим. Только это и спасло обитель от повторного закрытия в 1961 году, в разгар новых гонений на Церковь в СССР.
На территории Патриаршей резиденции в 1951 году была построена архиерейская гостиница.
С 1960 года в монастыре подвизался преподобный Кукша Одесский, жили на покое митрополит Иоанн (Кухтин), архиепископ Онисифор (Пономарёв). С 1961 года в монастыре размещена Одесская духовная семинария. В семинарии есть храм в честь святого апостола Андрея Первозванного — небесного покровителя семинарии.
В 1965 году в монастырь была перенесена резиденция правящего архиерея Одесской епархии, который является её священноархимандритом — настоятелем монастыря.
В 1967 году в покоях летней резиденции Патриарха Московского и всея Руси была устроена небольшая крестовая церковь, священная в честь преподобных Сергия и Никона, игуменов Радонежских, всея Руси чудотворцев.
В 1988 году, в год 1000-летия Крещения Руси, над Никольской церковью был сооружён купол и колокольня.