Гондарай — река в Карачаевском районе Карачаево-Черкесской Республики.

Река Гондарай берет начало с одноименного ледника Гондарай, сливаясь с рекой Махар, образует русло реки Учкулан. Протекает по территории Западного Кавказа.
Среди крупных притоков выделяются реки Индрюкой и Джалпаккол. В верховьях реки через Главный хребет проходит перевал Гондарай, который соединяет Карачаево-Черкесию и Абхазию, и им часто пользуются охотники. Из долины Гондарая можно пройти к ущелью реки Клыч, освоенному туристами в 1950-х годах.