Главное помещение дацана — алтарный зал или «дуган», где проходят ежедневные службы.

Здесь установлен почти пятиметровый бурхан — статуя Большого Будды, выполненная по монгольским канонам. Монумент сделан из папье-маше и покрыт сверху сусальным золотом. Голову Будды обрамляет нефритовый нимб, по периметру которого изображены мифологические существа и животные.
На двух этажах, расположенных над алтарным залом, находятся библиотека и монашеские кельи. В Дацане Гунзэчойнэй проходят не только богослужения, это еще и монастырская школа, где ламы регулярно организуют семинары по буддизму и читают лекции.