Собор Богоявления Господня и настоятельский корпус / справа/

Первый и главный храм монастыря в честь Богоявления был построен еще преп. Авраамием. Первоначально он был деревянным. Каменным же стал со времен царя Ивана Грозного, который в 1553 году, отправляясь на покорение Казани, взял с собой трость Иоанна Богослова, хранившуюся при святых мощах чудотворца Авраамия, «да тако и бысть взята Казань». После победы архимандрит Иоаким повелением царя Иоанна Васильевича заложил в монастыре на месте деревянного Богоявленского храма «церковь каменну с четырьма приделама». В посвящении приделов Богоявленского собора отразилась история чудотворной трости. Один из пределов посвящен преподобному Авраамию Ростовскому, другой — апостолу Иоанну Богослову, чей жезл забрал с собой царь, а третий покровителю самого царя — св. пророку Иоанну Предтече. Монастырский собор Богоявления Господня вобрал в себя все лучшее в русском зодчестве. Главный объем храма имеет форму куба и завершается традиционным для Руси пятиглавием. Придел преподобного Авраамия украшен стройным шатром, характерным для XVI века. Придел Усекновения главы св. Иоанна Предтечи увенчан горкой кокошников московского зодчества. А над приделом св. Иоанна Богослова в XIX веке ростовские каменщики, подражая древним мастерам, пристроили звонничную башню.
Закрыт в 1929 году, использовался как склад, в целом поддерживался в порядке, но в данноt время находится в тяжелом техническом состоянии. Заперт. Если не принять срочных мер, его сводам грозит скорое обрушение, уникальные фрески погибнут безвозвратно. Объединить усилия государственных органов, Церкви и общества по спасению памятника, который считается «старшим братом» самого знаменитого храма России – собора Покрова на Рву, призвал член Патриаршего совета по культуре, настоятель московского храма священномученика Климента, папы Римского, протоиерей Леонид Калинин.Известно, что 10 лет назад собор был законсервирован, там были устроены стяжки, однако сейчас они «вышли из строя, больше не держат стены».
Уцелели на территории монастыря и настоятельский корпус, перестроенный в 1837 году также Паньковым, и небольшая одноэтажная трапезная палата 1892 года постройки.
С 1919 года помещения настоятельского и братского корпусов, а с 1925 г.- трапезной, пристроенной к настоятельскому корпусу, занимали разнообразные жилищные конторы Ростова. В некоторых зданиях были устроены жилые помещения для работников фабрики «Рольма», в настоятельском корпусе недолгое время размещалась тюрьма.

Была разрушена в советское время небольшая часовня над могилой старца Пимена, с именем которого связано монастырское предание. Пимен был затворником и подвижником, не снимавшим вериг. Однажды он исцелил своими молитвами купца Хлебникова от мучившей его мигрени, и тот в благодарность выстроил после смерти старца над его могилой часовню. В монастыре сохранялись вериги весом в 1 пуд 19 фунтов (около 25 кг) и гири, с которыми старец не расставался. Некоторые богомольцы возлагали вериги на себя и с ними троекратно обходили часовню Пимена.
На месте уничтоженной часовни выложен фундамент из плит и установлен поклонный крест справа у алтарной части собора.
Ансамбль Авраамиева монастыря (в том числе Богоявленский собор) был признан объектом федерального значения в 1960 г. (регистрационный номер 7610148000). В 2010 г. широко праздновалось 1000-летие Ярославля, однако на городском сайте в числе объектов культурного наследия - памятников культового зодчества, которые реставрировались к юбилею, Богоявленский собор середины XVI в. не упоминается.