Первая евангелическо-лютеранская община на территории современного Петербурга была образована в 1630-х годах в городе Ниен (швед. Nyen) и входила в состав лютеранской Церкви Швеции. Основана она была как объединённая шведско-финская община.
После передачи Ингерманландии России в ходе Северной войны часть жителей Ниена была переселена в строящийся Санкт-Петербург. Собрания лютеранской общины Петербурга начались в 1703 году, их проводил в частном доме пастор Якоб Майделин.
В 1734 году императрица Анна Иоанновна подарила общине участок на Большой Конюшенной улице, на котором была построена первая деревянная церковь, имевшая крестообразный план и освящённая 19 мая того же года в честь Святой Анны.
В 1745 году шведско-финская община разделилась, однако богослужения совершались в общей церкви.
В 1767 году церковь перешла во владение финской общины.
В 1803 году финская община начала строительство новой каменной, прямоугольной в плане церкви на 2400 мест. Строительство осуществлялось по проекту архитектора Готтлиба Xристиана Паульсена — ученика Ю. М. Фельтена в классицистическом стиле.
Постановлением Леноблисполкома от 21 апреля (23 марта) 1938 года церковь Святой Марии была закрыта, а её здание передано Эрмитажу.
В 1940 году здание было перестроено под общежитие строительного управления.
С 1970 года в здании церкви находился «Дом природы»
После передачи Ингерманландии России в ходе Северной войны часть жителей Ниена была переселена в строящийся Санкт-Петербург. Собрания лютеранской общины Петербурга начались в 1703 году, их проводил в частном доме пастор Якоб Майделин.
В 1745 году шведско-финская община разделилась, однако богослужения совершались в общей церкви.
В 1767 году церковь перешла во владение финской общины.
В 1803 году финская община начала строительство новой каменной, прямоугольной в плане церкви на 2400 мест. Строительство осуществлялось по проекту архитектора Готтлиба Xристиана Паульсена — ученика Ю. М. Фельтена в классицистическом стиле.
В 1940 году здание было перестроено под общежитие строительного управления.
С 1970 года в здании церкви находился «Дом природы»