Первое упоминание органа в церкви св. Леодегарда относится к XIV веку. Известно, что в здании, уничтоженном при пожаре 1633 года, располагалось целых четыре таких инструмента. По окончании строительства новой церкви в 1640—1650 годах зальцбургским мастером Гансом Гайслером в ней был установлен орган с 48 регистрами и двумя мануалами, дважды перестроенный в середине и конце XIX века. Взамен ему в 1972—1977 годах был сооружён новый орган, при изготовлении которого частично был использован материал старого инструмента. Его основные характеристики (2015 год): 111 регистров, 7374 трубы, самая большая из которых имеет длину 10,7 метра и весит 383 килограмма, 5 мануалов, смешанная (механическая и электрическая) трактура, 4 независимых друг от друга источника звука, что позволяет органисту не просто воспроизвести нужный звук, но и выбрать место, откуда тот прозвучит.
Особенного упоминания заслуживает не имеющая аналогов в мире так называемая «Дождевая машина»: ещё в 1862 году установленная под крышей часть инструмента, представляющая собой изготовленный из жести и дерева барабан, наполненный металлическими шарами, позволяющий получать целую лавину звуков, имитирующих разыгравшуюся непогоду. Мендельсон и Брукнер играли в своё время на этом органе, а Марк Твен в присущей ему ироничной манере писал о концерте, на котором ему довелось побывать: «Дворцовая церковь славится своими органными концертами. …исполинский орган гудит, и гремит, и грохочет, силясь доказать, что он самый голосистый орган в Европе и что эта тесная шкатулочка-церковь — идеальное место, чтобы почувствовать и оценить его мощь и силу»
Особенного упоминания заслуживает не имеющая аналогов в мире так называемая «Дождевая машина»: ещё в 1862 году установленная под крышей часть инструмента, представляющая собой изготовленный из жести и дерева барабан, наполненный металлическими шарами, позволяющий получать целую лавину звуков, имитирующих разыгравшуюся непогоду. Мендельсон и Брукнер играли в своё время на этом органе, а Марк Твен в присущей ему ироничной манере писал о концерте, на котором ему довелось побывать: «Дворцовая церковь славится своими органными концертами. …исполинский орган гудит, и гремит, и грохочет, силясь доказать, что он самый голосистый орган в Европе и что эта тесная шкатулочка-церковь — идеальное место, чтобы почувствовать и оценить его мощь и силу»