Здание храма построено из кирпича в 1810—1814 годах на острове между двумя рукавами Цны на месте ветхой деревянной церкви во имя Богоявления Господня с приделом архистратига Михаила. В 1864—1866 годах собор был основательно перестроен. От первоначального объёма сохранились части восточной и западной стен, превращенные в столбы, южная и северная стены, возможно, частично световой барабан, опирающийся на четыре столба.
В 1931 году собор был закрыт, но не разрушен, здание использовалось в складских целях. Вновь открыт храм был не как большинство церквей в конце 1980-х или 1990-е годы, а уже в 1945 году.
Сегодня Богоявленский собор является главным действующим храмом Вышнего Волочка, духовным оплотом православных горожан и одной из главных достопримечательностей города. До 1984 года в нём пребывала чудотворная Андрониковская икона Божией Матери (украдена). В храме в иконостасе и киотах сохранились иконы XVII—XVIII веков, в том числе резной образ Николы Можайского, а также Богородичные иконы — Иверская, Выдропужская и именуемые «Скоропослушница», «Утоли Моя Печали», <Всех Скорбящих Радость>.
В 1931 году собор был закрыт, но не разрушен, здание использовалось в складских целях. Вновь открыт храм был не как большинство церквей в конце 1980-х или 1990-е годы, а уже в 1945 году.
Сегодня Богоявленский собор является главным действующим храмом Вышнего Волочка, духовным оплотом православных горожан и одной из главных достопримечательностей города. До 1984 года в нём пребывала чудотворная Андрониковская икона Божией Матери (украдена). В храме в иконостасе и киотах сохранились иконы XVII—XVIII веков, в том числе резной образ Николы Можайского, а также Богородичные иконы — Иверская, Выдропужская и именуемые «Скоропослушница», «Утоли Моя Печали», <Всех Скорбящих Радость>.