Если пишете по-русски, пишите: "Таллин". По-русски это название пишется именно так. Точно так же, как мы пишем "Париж", а не "Пари", "Рим", а не "Рома", "Вена", а не "Вин". Русский язык - это отнюдь не эстонский. :)
"Разрешить при подписании международных договоров и других документов учитывать при необходимости пожелания контрагентов по написанию упомянутых названий."
В. Черномырдин
В. Черномырдин
http://new.gramota.ru/spravka/docs?layout=item&id=16_9